본 교단에서 목사가 되려면 반드시 직영신학교인 “총신대학교 신학대학원”을 졸업해야 한다(정치 제4장 제2조, 제15장 제1조). 이 규정이 현재 법적 효력이 있는 2000년 헌법개정판이다.

이 규정이 2000년에 개정되기 이전에는 “목사 될 자는 신학을 졸업하고”라고 돼 있었다. 이 규정을 “총신대학교 신학대학원”으로 개정된 이후 “총회신학원”이 다시 복원되어 현재 양지캠퍼스에서 수업이 이루어지고 있으므로 “총신대학교 신학대학원”을 졸업을 해야 한다는 목사 자격규정에 대한 헌법규정을 개정해야 한다.

제97회 총회에서는 이 규정부터 우선적으로 개정해서 '총회결의'로 본 교단 목사가 되는 것이 아니라 ‘장로회 헌법’에 의해서 목사가 될 수 있는 길을 열어 주어서 정체성 혼란을 막아 주어야 한다.

'장로회 헌법'에서 목사의 자격 기준은 총회결의로서가 아니라 명문규정인 ‘장로회 헌법’에 의한 조건을 충족해야 한다.

현행 우리 헌법 중에 개정해야 할 부분들이 많이 있지만 우선적으로 목사 신분에 대한 정체성 혼란을 겪지 않도록 제97회 총회에서는 이 부분부터 개정해 주어야 한다.